GUDP-sekretariatet varetager de daglige opgaver med administration af programmet, udbetalinger, dialog med ansøgere og projekter, betjening af bestyrelsen og kommunikation.
Sekretariatet er delt på to lokationer med faglige sagsbehandlere og udbetalingsteamet placeret i Landbrugs- og Fiskeristyrelsens afdeling i Augustenborg, mens sekretariatsledelsen og de medarbejdere, som varetager bestyrelsesbetjening, kommunikation mv. sidder i Landbrugs- og Fiskeristyrelsens afdeling i København.
Sekretariatet ledes af en kontorchef i Landbrugs- og Fiskeristyrelsen.
For kontakt til sekretariatet se oplysninger her