GUDP-sekretariatet foretager en kontrol af, at ansøgninger med dansk deltagelse overholder de formelle GUDP-krav jf. vejledningen. Derefter bliver ansøgningerne behandlet og vurderet af EU-partnerskabets respektive internationale ekspertpanel i to trin.
I løbet af projektperioden er projektdeltageren forpligtet til at underrette GUDP-sekretariatet om projekt- og budgetændringer. Det er her særligt vigtigt at være opmærksom på, at ændringerne skal godkendes af sekretariatet, inden de kan træde i kraft. Nærmere information om projektændringer kan findes under fanen ”Søg om ændring".
Udover anmodning om ændringer, er projektlederen også forpligtet til at indsende en årlig statusrapport, hvor projektets fremdrift kan vurderes. Denne årlige afrapportering bruges til at vurdere projektets fremdrift eks. om projektets milepæle nås. Efter projektets afslutning er projektlederen desuden forpligtiget til at indsende en slutrapport. Skabelonerne for status- og slutrapporterne kan findes under fanen ”Status- og slutrapporter”.